Список действий при заражении сайта вирусом:
1. Изменить код доступа на сайт по FTP. Если эта мера не выполнена, можно не рассчитывать на эффект от любых других действий.
2. Заблокировать вход на зараженный сайт с других ip-адресов и под другими логинами кроме основного.
3. Зафиксировать дату изменения индексного файла зараженного сайта, что бы найти вирус или вредоносный код в других файлах с такой же датой.
4. Обновить индексный файл зараженного вирусом сайта из резервной копии.
5. Осуществить сканирование сайта для поиска новых файлов и папок, созданных вирусом, и их удаление.
6. При использовании сайта на технологии PHP, отключить или заменить php на обычный html в небезопасных разделах сайта (форумы, гостевые и пр.), которые могли являться уязвимостями для проникновения вируса на зараженный сайт.
7. Отказаться от использования браузера Интернет Эксплорер (IE), очистив кэш, и перейти на Опера или Мозилла и НЕ сохранять пароли в любых программах доступа по FTP и почтовых программах, где вирус может считать пароли на вход.
8. Изучить логи (статистику входа через FTP на сервер) зараженного вирусом сайта.
9. Обновить антивирусные базы и провести сканирование компьютера на вирусы. Необходимо обнаружить и удалить все вирусы, трояны, программы-шпионы и прочие вредоносные программы с ПК, что бы исключить несанкционированную передачу паролей вирусам для захода на сайт.

Проверить любой сайт на вирусы в онлайн можно здесь:
 
http://www.taghosting.ru/online_services/antivirus/
 
http://vms.drweb.com/online/
 
http://www.virustotal.com/ru/
 
http://www.webscanner.ru
 
http://www.error-bank.com/
 
http://burbon.ru/sites/virus.php
 
Пользуйтесь и проверяйте на наличие вирусов свои сайты – проверить сайт на вирусы онлайн – значит знать, что все в порядке.