Губернатор - государственная власть
Мэр - муниципальная.
 
Москва и Питер в этом плане различны.
 
В Питере губернатор - субъекта федерации, что правильно и должно быть так, потому как это город федерального значения, и есть местные муниципалитеты - у каждого свой глава, они не объединены в общую структуру, но в принципе это и не обязательно.
 
В Москве все не по закону и против существующего порядка вещей. Мэр города как муниципального образования, по сути, является и губернатором его как субъекта федерации - что запрещено законом, потому как федеральная и местная власти никак не могут осуществляться одним органом.

Часть 6 статьи 18 Федерального закона "Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации" устанавливает, что наименование должности высшего должностного лица субъекта РФ устанавливается конституцией (уставом) субъекта РФ с учетом исторических, национальных и иных традиций данного субъекта РФ.
 
В часте 1 статьи 40 Устава города Москвы сказано, что "мэр Москвы является высшим должностным лицом города Москвы". В Уставе Санкт-Петербурга (ст. 37, 38) говорится, что высшим исполнительным органов Санкт-Петербурга является Администрация, возглавляемая губернатором.